故事发生在日本的元志元年，江湖险恶，人心动荡。为了复仇，个头矮小父母双亡的少年铁之助（小林由美子配音）以成为“鬼”为目标，要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里，铁之助认识了外表温柔剑术.

就读于私立乐园高中的日日野晴矢（三木眞一郎配音）虽然出身教会家庭，但却是一个爱惹是生非、暴饮暴食的不良少年，当然他的骨子里充满了正义和善良。正因为如此，日日野与志愿前往法国学习绘画的男孩冈本清志朗（上

高町奈叶（田村由香里配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝..

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20世纪90年代的半架空世界里，美苏两国的冷战仍在持续。此时一种被称为“ArmSlave”的人形机动兵已成为军队主力，与之相关的新技术受到各方势力的觊觎。佣兵化军事组织“秘银”拥有强大AS军队，负责打

C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国