宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起
供职于西德艾斯勒纪念医院的日本人天马贤三被人称作“天才医生”,他的外科技术精湛,为人谦和,受到同事的羡慕和医患的敬仰。事业上,天马前途一片光明,为院长所看好;爱情上,院长的女儿爱娃与之相恋,如胶似漆。
小学生静儿、大雄、强夫和胖子技安是四个最亲密的伙伴,说是亲密伙伴,是因为她们四个经常在一起玩,但强夫和胖子技安经常欺负大雄。而大雄天生就是被人欺负的对象,他胆小内向,经常被强夫和技安欺负得大哭着跑回家
故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突,因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯(Titans