现为公安九课少校的草薙素子(坂本真绫配音),按照课长荒卷大辅(塾一久配音)的指示外出调查运输机被神秘并机的事件。结果途中遭到巴特(松田健一郎配音)率领的武装分子的袭击。与此同时,遍布全国的交通管制系统
某年的圣诞夜,大批民众聚集到某栋大厦门外,抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时,交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵,随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻,公安九课少校