的场一佐(鹿贺丈史)等30名自卫队员,因驻屯地事故而时间跳跃至战国时代1549年开始.的场的原属下-鹿岛(江口洋介)与造成事故的神崎(铃木京香)为拯救的场一行,也来到战国时代,却发现的场想代替织田信长

接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。維修組員中條義人在八王子基