前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカー
打着人类世界最后的故事之旗号,描绘了某一天因未知病毒的肆虐,人类面临着灭亡的窘境。此时,只有13岁以下的孩子们不会被病毒所感染,而这些孩子被从地下都市出现的吸血鬼所囚禁,并作为血液的供方用于饲养家畜。